1) Moqups: Отличный и универсальный инструмент. Помимо прототипов можно создавать карты сайта, диаграммы и многое другое 
https://moqups.com/ 

2) Balsamiq: простой и интуитивно понятный ресурс 
http://balsamiq.com/ 

3) Axure: идеальный ресурс для проектировщиков и менеджеров 
http://www.axure.com/ 

4) Invision: мощный онлайн-сервис, с огромным набором дополнительных функций 
http://www.invisionapp.com/ 

5) POP: приложение, бумага и карандаш — это все, что вам требуется для создания интерактивного прототипа 
https://popapp.in/ 

6) Wireframe: пожалуй, самый простой сервис, находка для быстрых набросков 
https://wireframe.cc/ 

7) Mockflow: удобный инструмент, с не перегруженным функционалом 
http://www.mockflow.com/ 

8) Proto.io: незаменим для проектирования интерактивных прототипов приложений 
https://proto.io/ 

9) UXPin: полезный и интересный сервис для профессионалов 
http://www.uxpin.com/ 

10) Omni Graffle: излюбленный сервис для приверженцев iOS 
http://www.omnigroup.com/omniGraffle/ 

11) Pencil: достаточно мощный, простой и бесплатный 
http://pencil.evolus.vn/ 

12) NinjaMock: неплохой и простой в использовании сервис
https://ninjamock.com/

А в каком сервисе делаете прототипы Вы? Пишите ответ в комментарии